De esta manera, nuestro monasterio, que inicialmente surge a impulsos castellanos y como contrarresto al empuje del reino pamplonés en esta zona nororiental del condado de Castilla, pasa a la órbita de aquel desgajándose de éste.
La dote inicial transmitida por el conde fundador se componía de más de cincuenta villas, cerca de setenta iglesias, posesiones y derechos en más de ochenta lugares, más de ochenta siervos rurales, etc. Pero pronto fue superada como consecuencia del empuje espiritual transmitido por su abad Iñigo, que la convierten en centro y destino de múltiples donaciones provenientes de reyes, nobles, obispos y pequeños propietarios. Con el tiempo, el marco territorial sobre el cual el monasterio ejercía control se vio ampliamente desbordado. Se llegó hasta las cerca de 300 villas y 200 iglesias, con unos límites que llegaban a Aragón, la orilla del Cantábrico y el PIsuerga.

            Junto a esta masa de donaciones los monarcas unían la cesión de determinados derechos regalianos, con lo que la abadía pasaba a detentar prerrogativas de carácter administrativo, tributario, judicial o militar, anteriormente exclusivas del poder real. Todo ello convertía al abad en un "señor" y al Monasterio en un "señorio". 
La confianza y la fe en este monasterio y en su comunidad religiosa era tal, que fueron varios los monarcas, condes y nobles que lo eligieron como última morada para sus restos mortales. Los condes de Castilla Sancho García y García Sánchez, la esposa del primero la condesa doña Urraca, el rey de Castilla Sancho II el Fuerte, el rey de Pamplona Sancho el Mayor y su esposa doña Mayor, amén de varios infantes más hijos de Alfonso VII el Emperador y Sancho IV el Fuerte. Todos ellos duermen el último de sus sueños en los panteones de este monasterio oniense.

            Las centurias siguientes transcurrieron marcadas por la tónica de disputas y conflictos con otras entidades religiosas y civiles por el dominio y disfrute de ciertos privilegios por parte de nuestro monasterio. De esta manera en el siglo XII se enfrentó con el Obispado de Burgos por el asunto de las tercias. Tras un Concilio y dos Bulas papales el conflicto quedó zanjado con el trasvase monetario de Oña a Burgos. La situación se volvió a repetir a principios del siglo XIII cuando se obligó a ceder al obispado la décima parte de sus rentas, no sin antes oponerse de una manera rotunda, el cenobio oniense tuvo que ceder ante esta situación.

            Desde un punto de vista historiográfico, la presencia omnipresente del monasterio de S. Salvador se ha dejado sentir de una manera rigurosa, provocando que la presencia de trabajos y publicaciones acerca de nuestra Villa sea cuando menos testimonial. A excepción hecha del magnífico trabajo de Francisco Ruiz Gómez bajo el título de Las aldeas castellanas en la Edad Media, y alguna rareza más en forma de artículos en revistas y foros especializados, pocos son los hitos en que apoyarse para clarificar el pasado histórico de Oña al margen de su institución monacal. Y muchos menos son cuanto más nos acercamos hasta nuestros días. De tal manera que la Edad Moderna sufre un vacío investigador.